Spécialiste du Bien-être Intestinal & Digestif
EXPERTISE INTESTINALE
Le microbiote intestinal
Notre intestin abrite un écosystème d’une extraordinaire complexité : le microbiote intestinal.
Composé principalement de bactéries, mais également de virus, champignons et autres micro-organismes, il représente environ 1 kg et abrite un nombre de micro-organismes du même ordre de grandeur que le nombre de cellules constituant notre corps.
Loin d'être un simple habitant de notre tube digestif, le microbiote participe activement à de nombreuses fonctions : digestion, métabolisme, barrière intestinale, fonctionnement du système immunitaire et communication avec le cerveau.
Il est particulièrement abondant au niveau du côlon, qui constitue son principal réservoir dans le système digestif.
Comprendre le microbiote, c’est donc mieux comprendre le fonctionnement de notre équilibre intestinal et digestif.
Le microbiote intestinal : un écosystème complexe
Le microbiote intestinal correspond à l'ensemble des micro-organismes qui vivent dans notre système digestif et interagissent entre eux ainsi qu'avec notre organisme. Cette relation s'est construite au cours de l'évolution et forme aujourd'hui un véritable écosystème.
Il est constitué de plusieurs grandes familles de micro-organismes :
Les bactéries, qui représentent la composante la plus étudiée et largement majoritaire du microbiote intestinal.
Les archées, micro-organismes unicellulaires distincts des bactéries. Certaines participent notamment aux processus de fermentation intestinale et au métabolisme des gaz.
Les virus, parmi lesquels les bactériophages, ou « phages », qui infectent spécifiquement les bactéries et participent à la dynamique des populations bactériennes.
Les champignons et les levures, qui constituent le mycobiote intestinal. Ils sont beaucoup moins abondants que les bactéries mais font néanmoins partie intégrante de cet écosystème.
D'autres micro-eucaryotes, notamment certains protozoaires, peuvent également être présents dans l'intestin.
— Une concentration maximale dans le côlon
Ces micro-organismes ne sont pas répartis uniformément dans le tube digestif.
L'estomac, notamment en raison de son acidité, présente une densité microbienne relativement faible. Celle-ci augmente progressivement dans l'intestin grêle pour devenir considérable dans le côlon, où les conditions sont particulièrement favorables au développement de nombreuses espèces, notamment anaérobies.
L'Inserm estime ainsi la concentration à environ 10 à 1 000 bactéries par millilitre dans l'estomac, contre 10 000 à 10 millions dans l'intestin grêle et jusqu'à 10 milliards à 10 000 milliards par millilitre dans le côlon.
C'est donc essentiellement dans le côlon que se trouve la communauté microbienne la plus dense de notre appareil digestif.
— Une diversité considérable
Les techniques modernes de séquençage ont profondément transformé notre connaissance du microbiote. Elles permettent d'étudier des micro-organismes qui étaient auparavant difficiles, voire impossibles, à cultiver en laboratoire.
À l'échelle de l'espèce humaine, environ un millier d'espèces microbiennes différentes ont été identifiées dans le microbiote intestinal, avec une très large majorité de bactéries.
Mais un même individu ne possède qu'une fraction de cette diversité : l'Inserm indique qu'un individu sain héberge en moyenne environ 160 espèces bactériennes.
Et cette composition varie fortement d'une personne à l'autre.
— Un microbiote propre à chaque individu
Notre microbiote peut ainsi être considéré comme une sorte d'empreinte biologique : sa composition qualitative et quantitative est propre à chacun.
Deux individus en bonne santé peuvent posséder des populations bactériennes sensiblement différentes. Parmi les quelque 160 espèces bactériennes retrouvées en moyenne chez un individu sain, seulement environ la moitié seraient communément retrouvées d'une personne à l'autre.
Cette notion est essentielle : l'équilibre du microbiote ne repose pas sur la présence d'une liste universelle de “bonnes bactéries”, mais sur un écosystème complexe dans lequel la diversité, la composition, les interactions entre micro-organismes et surtout leurs fonctions ont leur importance.
À RETENIR
Le microbiote est un écosystème, pas une simple collection de bactéries.
Bactéries, archées, virus, champignons et autres micro-organismes y coexistent, coopèrent mais peuvent également entrer en compétition. La diversité de cet ensemble participe à son équilibre.
La constitution et l’évolution de notre microbiote
Notre microbiote intestinal n’est pas figé. Il se constitue principalement à partir de la naissance, évolue très rapidement pendant les premières années de la vie, puis acquiert progressivement une composition plus stable. Cette construction est influencée par de nombreux facteurs : mode d’accouchement, alimentation, environnement, traitements médicamenteux et notamment antibiotiques.
— Dès la naissance, une colonisation rapide
À la naissance, le tube digestif du nouveau-né est rapidement colonisé par des micro-organismes provenant notamment de sa mère et de son environnement.
Le mode d’accouchement influence cette première colonisation. Lors d’un accouchement par voie basse, le nouveau-né est notamment exposé aux micro-organismes vaginaux, fécaux et cutanés maternels. Lors d’une naissance par césarienne, les premières populations microbiennes présentent une composition différente et sont davantage influencées par l’environnement et la flore cutanée.
Il ne faut toutefois pas considérer ces premières populations comme définitives : le microbiote va connaître d'importantes transformations au cours des mois et années suivantes.
— Un microbiote qui mûrit pendant l’enfance
Les premières années constituent une période particulièrement dynamique.
À mesure que l'enfant grandit, son microbiote devient plus diversifié et plus complexe. L'Inserm situe cette phase majeure de maturation durant les premières années de vie, sous l'influence notamment de l'alimentation, de l'environnement, du niveau d'hygiène, de la génétique et des traitements médicaux reçus.
Progressivement, le microbiote acquiert une configuration plus proche de celle observée chez l'adulte.
Mais « plus stable » ne signifie pas immuable.
— Notre microbiote continue d’évoluer tout au long de la vie
Même une fois constitué, notre écosystème intestinal reste sensible à notre environnement et à notre mode de vie.
L'alimentation, certains médicaments – particulièrement les antibiotiques –, les maladies, les changements d'habitudes de vie et différents facteurs environnementaux peuvent modifier sa composition, de façon transitoire ou parfois plus durable.
C'est ce qui explique qu'un individu possède un microbiote qui lui est propre, mais que ce microbiote n'est jamais totalement figé.
À RETENIR
Notre microbiote possède une histoire.
Il se construit principalement à partir de la naissance, se transforme profondément pendant les premières années puis devient relativement plus stable, tout en restant influencé par notre alimentation, notre environnement et certains événements de la vie.
Les grandes fonctions du microbiote intestinal
Le microbiote intestinal n'est pas un simple ensemble de micro-organismes vivant dans notre côlon. Il exerce de nombreuses fonctions qui complètent celles de notre organisme : digestion, production de molécules utiles, protection de la barrière intestinale, régulation immunitaire et communication avec le système nerveux.
— Il participe à notre digestion
Certaines bactéries possèdent des enzymes que nos propres cellules ne produisent pas. Elles peuvent ainsi fermenter dans le côlon une partie des fibres, amidons résistants et autres glucides non digérés arrivant de l'intestin grêle.
Cette fermentation produit notamment des acides gras à chaîne courte (AGCC) : acétate, propionate et butyrate. Le butyrate présente un intérêt particulier puisqu'il constitue une importante source d'énergie pour les cellules du côlon.
— Il produit des vitamines et de nombreux métabolites
Notre microbiote possède des capacités métaboliques que nous ne possédons pas nous-mêmes. Certaines bactéries participent notamment à la synthèse de vitamine K et de plusieurs vitamines du groupe B.
Le microbiote produit par ailleurs une multitude de métabolites capables d'interagir avec nos propres cellules.
— Il protège l'écosystème intestinal
Les micro-organismes occupent l'espace et consomment les nutriments disponibles, ce qui contribue à limiter l'installation de micro-organismes indésirables. Certaines bactéries produisent également des substances antimicrobiennes, notamment des bactériocines.
Le microbiote et ses métabolites participent aussi au maintien de la muqueuse et de la barrière intestinale, ainsi qu'au dialogue permanent avec notre système immunitaire.
— Il dialogue avec notre cerveau
Le microbiote participe enfin à ce que l'on appelle l'axe microbiote-intestin-cerveau.
Certaines bactéries peuvent produire ou influencer des molécules neuroactives telles que le GABA, la dopamine ou la sérotonine. Une grande partie de la sérotonine de l'organisme est produite dans le système digestif, principalement par les cellules entérochromaffines, et le microbiote peut moduler cette production.
Les recherches étudient aujourd'hui les relations entre microbiote, stress, humeur, cognition et comportement, même si de nombreux mécanismes restent encore à préciser chez l'être humain.
À RETENIR
Digérer, fermenter, produire, protéger et communiquer : le microbiote est un véritable partenaire métabolique de notre organisme.